Viabilidad de RNA-Seq en muestras de de glioblastoma

Investigadores de CNAG, el Institut Català d'Oncologia y otras instituciones de investigación han comparado resultados de la secuenciación de ARN a partir de muestras incluidas en parafina y fijadas con formalina (FFPE) y  de tejido glioblastoma fresco y congelado (FF). El estudio se realizó como parte del Grupo Glioma de Cataluña y fue publicado en Plos One.
 
Inicialmente había una selección de once casos de pacientes que tenían glioblastomas primarios; dos muestras se habían obtenido a partir del mismo tumor de cada paciente, uno de los cuales había sido almacenado como FFPE y uno como FF. 
 
Después de comprobar el control de calidad, cuatro de éstas once muestras pareadas se consideraron adecuadas para la secuenciación. La plataforma de secuenciación de nueva generación en el CNAG realizó la secuenciación del transcriptoma entero usando muestras de tumores de ambos tipos de conservación, FFPE y FF.
 
El análisis bioinformático de la secuencia de ARN mostró que el ARN a partir de muestras FFPE estaba muy degradado pero mantiene similitudes transcriptomicas con el ARN a partir de muestras FF. Los resultados sugieren que las muestras FFPE almacenadas pueden ser utilizadas para el análisis de secuenciación de ARN de glioblastoma proporcionando datos de expresión génica fiables que se pueden utilizar en estudios moleculares si el RNA se conserva correctamente.
 
Esta información es muy valiosa ya que las muestras de tejido fresco congelado de glioblastoma son difíciles de obtener debido a que el tejido tumoral obtenido en la cirugía es a menudo escaso y necrótico y el diagnóstico tiene prioridad sobre la congelación. Después del diagnóstico, el tejido sobrante normalmente se almacena como tejido FFPE para almacenamiento a largo plazo. 

 

Fuente: CNAG

Artículo original: Esteve-Codina A, Arpi O, Martinez-García M, Pineda E, Mallo M, Gut M, et al. (2017) A Comparison of RNA-Seq Results from Paired Formalin-Fixed Paraffin-Embedded and Fresh-Frozen Glioblastoma Tissue Samples. PLoS ONE 12(1): e0170632. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0170632

Foto: Percival, Bailey, Glioblastoma Multiforme. Percival Bailey Brain Specimens Collection (University of Illinois at Chicago)