Investigadores del Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer (IDIBAPS) desvela el epigenoma completo de la leucemia linfática crónica, proporcionando un mapa en alta resolución de las funciones del genoma.

La leucemia linfocítica crónica (LLC) es una neoplasia hematológica en la cual las alteraciones epigenéticas subyacentes se entienden solo parcialmente y representa el tipo de leucemia más frecuente.

En este estudio, publicado en Nature Medicine, los científicos analizaron el epigenoma de referencia de siete LLC primarias y el paisaje regulador de la cromatina de 107 casos primarios en el contexto de diferenciación de células B normales. Por primera vez, han cartografiado el mapa completo de las funciones del genoma de la leucemia, definiendo genes activos, genes inactivos, regiones que no contienen genes, pero controlan su expresión, grandes desiertos inactivos del genoma etc. En total identificaron un total de 12 funciones diferentes y vieron que el paisaje de la cromatina LLC se ve influido en gran medida por distintas dinámicas durante la maduración normal de las células B.

Asimismo, definieron amplios catálogos de elementos reguladores de novo reprogramados en LLC y en sus principales subtipos clínico-biológicos clasificados por niveles de hipermutación somática de la región variable de la cadena pesada (IGHV). Descubrieron que las LLC no mutadas de IGHV albergan más cromatina abierta y activa que los casos con mutación de IGHV. Además, mostraron que las regiones activas de novo en LLC están enriquecidas para los sitios de unión a la familia del factor de transcripción NFAT, FOX y TCF / LEF.

Aunque la mayoría de las alteraciones genéticas no están asociadas con perfiles epigenéticos consistentes, las LLC con mutaciones MYD88 y trisomía 12 muestran configuraciones distintas de cromatina. Además, observaron que las mutaciones no codificantes en LLC mutadas con IGHV están enriquecidas en elementos reguladores asociados a H3K27ac fuera de la cromatina accesible.

En conclusión, este estudio proporciona un retrato integrador del epigenoma de la LLC, identificando extensas redes de elementos reguladores alterados y arroja luz sobre una posible relación entre la arquitectura genética y epigenética de la enfermedad.

Investigación original: The reference epigenome and regulatory chromatin landscape of chronic lymphocytic leukemia. Renée Beekman et al. Nature Medicine (2018). doi:10.1038/s41591-018-0028-4

Foto: Sombras de Gumprecht en linfocitos rotos
Autor: Dr. Ramón Simón-López